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南丹市には大学のキャンパスや研究所が複数あり、京都大学のフィールド科学教育研究センター森林ステーション芦生研究林がある市として知られています。この研究林の所在地は市内北東部で、滋賀県や福井県との県境に近い場所です。この研究施設の西側に、芦生自然学校もあります。

南丹市には「佛教大学」や「京都美術工芸大学」をはじめ、「京都医療科学大学」や「明治国際医療大学」など、幾つもの高等教育機関が集まります。また「京都大学芦生研究林」といった研究機関も所在します。

南丹市八木町では、毎年1月中旬に、京都府無形民俗文化財に指定されている大送神社の大綱引きと呼ばれる綱引き祭りがあり、毎年8月14日（天候によって延期される場合あり）には花火大会も開催されています。日吉町の牧山集落には牧山の松明と呼ばれる、100年続く府の登録文化財でもある祭りがあり、こちらも8月14日に行われています。